Ein Wein, der in der Region gewachsen ist, aus der das Gericht stammt, passt eigentlich immer. Diese Faustregel gilt auch für das Käsefondue. Ein Walliser oder Waadtländer Weisswein ist somit eine sichere Wahl. Am besten passt ein leichter, junger Wein mit wenig Gerbstoff und viel präsenter Säure zum eher schweren Käsegericht. Ausserdem harmonieren generell alle Weine, die aus der Chasselas-Traube gekeltert werden, ausgezeichnet mit Käsefondue.

Traditionell trinken die Schweizerinnen und Schweizer Weisswein zum Käsefondue. Ein kräftiger, gerbstoffarmer oder fruchtbetonter Rotwein, bestenfalls auch aus derselben Region wie der Käse, passt aber genauso gut dazu. Vermieden werden sollten hingegen Rotweine mit allzu starkem Barrique-Einfluss und einer zu präsenten Tanninstruktur.