Un vino che è cresciuto nella regione di origine del piatto preparato è in realtà sempre adatto. Questa regola vale anche per la fondue di formaggio. Un vino bianco del Vallese o del Vaud è quindi una scelta sicura. Un vino leggero, giovane, con pochi tannini e un'acidità marcata si abbina bene a un piatto di formaggio piuttosto pesante. Inoltre, tutti i vini prodotti con l'uva Chasselas si armonizzano di norma perfettamente con la fondue di formaggio.

Gli svizzeri bevono tradizionalmente il vino bianco con la fondue. Un vino rosso forte, povero di tannini o fruttato, nella migliore delle ipotesi anche della stessa regione del formaggio, si abbina altrettanto bene. Tuttavia, i vini rossi con un'influenza troppo forte di barrique e una struttura tannica troppo presente dovrebbero essere evitati.